近日，我国多地报告发现Omicron（奥密克戎）变异株感染病例，引发广泛关注。针对这一新型变异毒株，国内外医药卫生科研工作者对其的关注和研究也逐渐增多。在本期分享的文献中，研究者就Omicron与其他SARS - CoV - 2分离株（Alpha、Gamma、Delta、Beta、Mu）之间的关系、Omicron的流行病学特征及现有疫苗对预防Omicron变异株感染的效果等方面进行了较为详细的研究。
文献1：Kandeel M, Mohamed MEM, Abd El-Lateef HM, et al. Omicron variant genome evolution and phylogenetics. J Med Virol. 2021 Dec 10. doi: 10.1002/jmv.27515. Epub ahead of print. PMID: 34888894.
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这项研究分析了进化Omicron变种与最近出现的SARS - CoV - 2变种之间的联系，使用Clustal Omega软件对SARS - CoV - 2变异株的全基因组序列两两比较，记录差异、同一性百分比、差距和突变，并生成同一性矩阵。利用多种进化替代模型确定了Omicron变种的系统发育。使用核苷酸替代模型的超度量和度量聚类方法，如UPGMA和邻居连接（NJ），揭示了Omicron变种形成了一个新的单系分支，与其他SARS - CoV - 2变种相隔很远。相比之下，NJ方法使用了一个基本的核苷酸替代模型（Jukes-Cantor），揭示了Omicron变种和最近进化的Alpha变种之间的密切关系。根据序列同一性百分比，最接近的变异关系依次为:Omicron、Alpha、Gamma、Delta、Beta、Mu，SARS - CoV - 2美国分离株。与其他变异的基因组比对表明，Omicron变异的基因组中有最多的缺口，从43到63个缺口。考虑到它们与Alpha变种的密切关系，Omicron变种可能存在的时间比推测的要早，并形成了一个独立的变异体，研究建议采取系统和全面的测序手段来研究病毒的进化和突变。
采用邻接法和Tamura替代模型构建系统进化树分析图
文献2： Kannan S, Shaik Syed Ali P, Sheeza A. Omicron (B.1.1.529) - variant of concern - molecular profile and epidemiology: a mini review. Eur Rev Med Pharmacol Sci. 2021 Dec;25(24):8019-8022. doi: 10.26355/eurrev_202112_27653. PMID: 34982466.
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Omicron （B.1.1.529）突变体在刺穗蛋白中出现了30多个氨基酸突变。在刺突蛋白的受体结合基序上，这种突变率超过其他变种约5-11倍。Omicron （B.1.1.529）变种可能具有更强的传播性和免疫逃避。这种新的变种可以让此前感染其他SARS-CoV-2变异毒株的人再次感染。科学家们对现有的抗Omicron感染的COVID-19疫苗的有效性表示了担忧。在Omicron变体的受体结合区域中检测到的一些关键突变，与以前进化的SARS-CoV-2变种相同。基于Omicron突变，它可能相对于之前的变种具有更加强大和快速的传染性。由于刺突蛋白的广泛突变，Omicron变异可能会逃避接种个体的免疫。
文献3：Peiris M, Cheng S, Mok CKP, et al. Neutralizing antibody titres to SARS-CoV-2 Omicron variant and wild-type virus in those with past infection or vaccinated or boosted with mRNA BNT162b2 or inactivated CoronaVac vaccines. Res Sq [Preprint]. 2022 Jan 5:rs.3.rs-1207071. doi: 10.21203/rs.3.rs-1207071/v1. PMID: 35018372; PMCID: PMC8750710.
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本研究主要探讨恢复期或接种疫苗的人血清中病毒中和活性的降低水平，以了解其对感染者或再次感染者的免疫保护丢失程度。研究采用PRNT50分析方法对接种两剂BNT162b2或CoronaVac疫苗一个月接种者的血清进行免疫检测，对Omicron变种也只提供了很少抗体免疫。在接种过两剂BNT162b2或CoronaVac的接种者中使用BNT162b2加强剂量，1个月后仍能提供可接受对Omicron的中和免疫。当然，三次剂量的BNT162b2诱导对Omicron能提供更高水平的PRNT50抗体，保护时间也更长。SARS-CoV-2感染恢复期患者对Omicron没有保护性的PRNT50抗体水平，但单次接种BNT162b2疫苗可提供保护性免疫。迫切需要针对Omicron变异对疫苗的反响，开展对不同疫苗的功效研究。
对野生型病毒和Omicron变种PRNT50抗体滴度（GMT和SD）检测结果
